Este museo está dedicado a la memoria de la señora Amparo Rugarcía de Espinosa Iglesias, esposa de un prominente empresario poblano fundador y patrocinador del recinto. Está ubicado en parte de lo que fue el Hospital de San Juan de Letrán, el Colegio de niñas vírgenes y una casa colonial. Es notable por su museografía, que se basa en la adaptación de espacios coloniales para la exhibición de piezas arqueológicas y artísticas.
Es uno de los mejores museos de su tipo en América Latina y cuenta con información complementaria auditiva y visual. Contiene invaluables piezas cuyos orígenes van desde la época prehispánica hasta la contemporánea. La serie precolombina está constituida por una de las más importantes colecciones de México. Exhibida en 7 salas temáticas y un área general, este conjunto muestra el desarrollo de las culturas mesoamericanas a través de sus diferentes manifestaciones estéticas y tecnológicas.
Entre otras actividades, este recinto ofrece un área bibliográfica de apoyo a la investigación y un programa de cursos de arte mexicano, conferencias y eventos especiales para el público en general y para especialistas.